Das Organigramm des Musée d'Orsay zeigt fünf Abteilungen, die sich um die Präsidentschaft gruppieren: die allgemeine Verwaltung, die Konservationsabteilung, die Kulturabteilung, die Abteilung Auditorium und die Kommunikationsabteilung.



Dem Präsidenten der Öffentlichen Einrichtung des Musée d'Orsay unterstehen die Bereiche Verlagswesen, Mäzenatentum und internationale Beziehungen.
Die Konservationsabteilung untersteht direkt dem Präsidenten der Einrichtung und unterteilt sich in sechs Fachbereiche: Malerei, Skulptur und Medaille, Kunstgewerbe, Architektur, Fotografie und Grafik.
Die Konservatoren, aus denen die Abteilung besteht, sind ständige Mitglieder des wissenschaftlichen Beirats der Einrichtung und können mit fachbereichübergreifenden Aufgaben betraut werden.
Außer den Bereichen - Ausstellungen, Ankauf, Verwaltung der Werke, museografische Werkstätten, fotografische Werkstatt verfügt die Konservation auch über einen Forschungsbereich, der eine Dokumentation und eine Bibliothek verwaltet.
Aufgabe der Kulturabteilung ist es, das kulturelle Angebot des Museums im Interesse der Öffentlichkeit auszurichten und zu organisieren. Sie umfasst folgende Bereiche: Veröffentlichungen, audiovisuelle Produktionen, Internet und Multimedia, Konferenzen und Kolloquien, den Bildungsbereich und eine Dokumentation.
Diese Abteilung übernimmt die Programmgestaltung in den Bereichen Musik, Kino, Theater und Tanz in Zusammenarbeit mit den Abteilungen der Einrichtung.
Die Abteilung untersteht unmittelbar dem Präsidenten der Einrichtung. Sie ist für die Erarbeitung einer Kommunikationsstrategie, die Promotion des Museums, seiner Sammlungen und aller anderen Aktivitäten in Frankreich und im Ausland zuständig. Die Abteilung bemüht sich auch um Partnerschaften für Kultursponsoring. Sie umfasst folgende Bereiche: Öffentlichkeits- und Pressearbeit, Auslandsbeziehungen und internationales Sponsoring, grafische Werkstatt und Druckerei.
Die allgemeine Verwaltung umfasst folgende Bereiche: Öffentlichkeit und Verkauf, Empfang und Aufsicht, Betrieb und Sicherheit, Informatik, Museografie und Bauarbeiten, Verwaltung und Finanzen, Personal. Diese Abteilung organisiert und gewährleistet die Verwaltung der Einrichtung in Zusammenarbeit mit den anderen Abteilungen.